그냥 다음과 같이 하면, 아랫줄에 각주 번호가 나옵니다.

\section{History of Philosophy? \footnote{코플스톤, 김보연 역, 『그리스 로마 철학사』 1998년, 들어가는 말에서} }

다음과 같이 하면 본인이 의도한 위치에 각주 번호가 나옵니다.

\section[blah]{History of Philosophy? \footnote{코플스톤, 김보연 역, 『그리스 로마 철학사』 1998년, 들어가는 말에서} }

” [blah] “이라는 태그만 들어가면 됩니다.

출처: http://idontcare.us/blog/2006/07/11/footnote-in-the-chaptersection-title-latex